Hacia 1841 en México se vivía un conflicto político entre el gobierno de corriente centralista, que facultaba al presidente de la República para designar gobernadores así como otras decisiones de los estados, y la corriente que optaba por una forma de gobierno federal que defendía la división de poderes y otorgaba autonomía a los estados.
Yucatán era uno de los estados en el que existía descontento con el gobierno centralista que predominaba.
Durante el gobierno centralista -que violó el pacto federal de 1825-, el Congreso del Estado rompió relaciones con México en tanto se reestableciera el antiguo régimen. El primero de octubre de 1841, la Cámara de Diputados local aprobaba el Acta de Independencia de la Península, estableciendo que “el pueblo de Yucatán, en el pleno uso de su soberanía se erigía en república libre e independiente de la nación mexicana”.
Aunque inspirada en los colores del lábaro patrio mexicano, la bandera de Yucatán tuvo un campo verde con cinco estrellas y a su lado derecho, a partir del mástil, tres franjas horizontales, en blanco y rojo. Las cinco estrellas simbolizaban los cinco estados en los que se dividía la nueva nación: Campeche, Tekak Izamal, Valladolid y Mérida.
En aquel momento la Península abarcaba los actuales estados de Campeche, Yucatán y Quintana Roo.
Durante los próximos meses el estado gozará de independencia bajo el mandato del gobernador Miguel Barbachano y Tarrazo a costa de un bloqueo económico impuesto por México.
Fue en este periodo que Tabasco proclama su independencia bajo la misma demanda, una república federal mexicana, acto que el gobierno de Barbachano trató de aprovechar para formar una alianza entre la república tabasqueña y la república de Yucatán y formar así una sola nación independiente de México. Esta idea no prosperó ya que Tabasco regresaría a la Unión Mexicana en 1842.
Antonio López Santa Anna, el nuevo presidente de México en aquel entonces, comisionó a Andrés Quintana Roo —oriundo de Yucatán—, para establecer un diálogo con las autoridades yucatecas con el fin de que se reincorporasen a la República. La labor de Quintana Roo tuvo éxito y se firmaron los tratados del 28 y 29 de noviembre de 1841. En ellos se manifestaba que Yucatán conservaría sus leyes y aranceles de aduanas, así como la libre introducción de mercancías yucatecas a los puertos de la República que había sido suspendida, entre otras ventajas para Yucatán.
Sin embargo México violó los pactos, el gobierno exigía que Yucatán se uniera a México y aceptara todas las leyes del Congreso Constituyente establecido por el dictador veracruzano. Se exigía además que Yucatán rompiera toda relación con Texas, pues México aún no reconocía su independencia.
Santa Anna envió una avanzada militar comandada por el capitán Tomás Marín para enfrentarse a los separatistas. En su trayecto a Mérida lograron tomar la isla del Carmen (hoy Ciudad del Carmen) y Champotón, pero fracasaron en el asedio de San Francisco de Campeche, ante la ofensiva estratégica en sus grandes murallas. Por último, se enfrentaron con los meridanos en lo que hoy se conoce como Hacienda Pacabtún, en la capital yucateca.
En dicha batalla, el ejército mexicano -esta vez comandado por el general Peña y Barragán- sería vencido por un ejército de más de 11 mil indígenas mayas.
Finalmente, ante la derrota, Santa Anna firmaba el 5 de diciembre de 1843 los convenios que otorgaban a Yucatán autonomía dentro de la República Mexicana, con la condición de que se reintegrara al territorio nacional, terminando así el primer periodo de independencia yucateca.
Con información de lajornadamaya