En la provincia de Cochua se encontraban poblaciones actualmente pertenecientes al municipio de Felipe Carrillo Puerto, como son Chuyaxche, Polyuc, Kampocolche, Chunhuhub, Tabi y la capital que se localizaba en Tihosuco. También de la provincia de Huaymil se conocen poblaciones mayas asentadas en la Bahía del Espíritu Santo y lo que es hoy la ciudad de Felipe Carrillo Puerto.
Comandados por Francisco de Montejo en 1544 se conquistó el actual territorio del municipio, quedando sus pobladores sujetos al sistemas de encomiendas, con lo cual tuvieron que entregar tributo, servir a los conquistadores y sufrir malos tratos y explotación. Esta situación perduró durante la colonia y la independencia sin que hubiera ningún beneficio para los índigenas, hasta que el 30 de julio de 1847 se rebelaron en Tepich comandados por Cecilío Chí y más tarde por Jacinto Pat y otros líderes mayas, iniciando la Guerra de Castas que durante más de 80 años mantuvo en pie de guerra a los mayas de la Península.
Durante este periodo se fundó Chan Santa Cruz, residencia de la Cruz parlante que fue un símbolo para integrar a los rebeldes mayas y que operó como la capital de los indígenas, motivo por el cual fue conquistada en varias ocasiones; después esta población se convertiría en la ciudad de Felipe Carrillo Puerto, cabecera municipal.
En Felipe Carrillo Puerto se encuentra el Templo de la Cruz Parlante, que tuvo gran influencia para aglutinar a los mayas rebeldes de la Guerra de Castas y el edificio del Centro Cultural que data del siglo pasado, actualmente reconstruido.
El Museo de la Guerra de Castas de Tihosuco, que se localiza en un edificio restaurado del siglo XVIII. En este museo se exhiben piezas arqueológicas de la región, fotografías y documentos de hechos de la Guerra de Castas.
En el mes de mayo se celebra la Santa Cruz y en el mes de enero la fiesta de Los Tres Reyes. Entre las danzas tradicionales están el baile de la cabeza de cochino en el cual una persona mantiene en la cabeza una charola con una cabeza de cerdo cocinada y adornada con papel picado y las demás personas bailan con ella. Otro baile es La Cinta en el cual los bailarines tejen figuras con las cintas multicolores que se desprenden de la punta de un poste de alrededor de 10 metros de largo. También son comunes las jaranas de influencia yucateca, que se bailan en las Vaquerías, fiestas populares que se realizan generalmente en honor de los santos patronos.
La música tradicional se ejecuta por conjuntos musicales conocidos como el Maya Pax, formados por violines, tambor de tronco de árbol, caracol, guitarra y armónica.
En El Santuario de la Cruz Parlante en Felipe Carrillo Puerto se conserva el sitio de culto de los mayas cruzob y que les integró para continuar la rebelión maya hasta el presente siglo.
La reserva de la Biosfera de Sian Ka´an (Lugar donde nace el cielo) se decretó en 1986 con una extensión de 528, 147-66-80 Ha, comprende las dos Bahías más importantes en producción pesquera, distintos tipos de selva, marismas, manglares y lagunas tanto de agua dulce como salobre. Subsisten en la Reserva una gran variedad de especies animales y vegetales, incluyendo algunas en riesgo de extinción. En 1996 la UNESCO reconoció esta Reserva como Patrimonio Mundial.